El Sistema startar när barnen börjar förskoleklass, med extra musikundervisning i grupp två gånger i veckan. Under året i förskoleklass handlar undervisningen om sång, rörelse, rytmik språkutveckling och motorik. Den obligatoriska El Sistema-undervisningen pågår i tre år tills eleven slutar i åk 2.

Från åk 3 är El Sistema-undervisningen frivillig och förlagd till fritidstid efter skoltid. Från åk 3 till åk 5 erbjuds eleven två lektioner i veckan med gruppundervisning i scenisk körsång. Eleverna gör även besök hos professionella orkestrar som Uppsala Kammarorkester och får besök av musikerna i t.ex. Linnékvintetten och Trio X.